（1）QuadCounty玉米合作项目将改进现有的玉米淀粉乙醇植物以增加其副产品的价值，并促进建设多样化的产品生产线，开发新市场，实现环保署有关纤维素乙醇生产和使用的目标。
（2）农业研究局国家农业利用研究中心将利用重组自交系优化油菜籽、芥菜籽和亚麻荠油料作物的油质和产量，并利用遥感和作物模拟方法改进生产策略，将这些作物纳入美国西部四个生态区现有的农业生产体系。生产的油将经过氢化处理加工成生物柴油和航空燃油。
（3）Cooper轮胎和橡胶公司将利用基因组测序和分子标记技术优化银菊胶的生产和质量。开割的橡胶将用于生产轮胎，剩余的植物残留经评价后将用于生产生物燃料或用作航空燃料的原料。
（4）威斯康星大学将利用牛粪作为纤维（可用来生产乙醇）和肥料的来源，目的是开发有利于环境的新产品生产线的封闭循环系统。
（5）夏威夷大学将优化象草、能源甘蔗、糖甘蔗以及甜高粱的生产，提高其产量和优化预加工，以满足向航空燃油和柴油的生物转化。
生物质基因组研究计划共有9个项目（1150万美元），旨在利用基因组学技术改良具有发展前景的生物能源原料，利用遗传绘图方法分析和寻找有关持久性、耐环境胁迫能力以及发展潜力的遗传性状。具体包括：寻找影响杨树生物质产量和质量的功能基因及分析相关基因和等位基因的特征；分析低地生态型和高原生态型柳叶稷耐非生物胁迫基因网络的差别；白杨的相互作用组研究，包括在整个基因组鉴定与非生物胁迫抗性及生物燃料相关的功能基因网络和次级网络；黍草生物燃料相关性状的遗传学研究，利用二倍体Panicumhallii建立模式系统；生物能源草结构的基因组学研究；利用嵌套联合作图群体分析柳叶稷有关产量和质量性状的自然等位基因变化；利用高通量、田间表型技术鉴定大豆生物质产量组成性状的遗传结构；分析高产量多倍体杂交柳树杂交优势的遗传基础；微管蛋白修饰对杨树木质形成和耐胁迫（水利用）的双重效应。
