张基尧说，目前规划的审批程序复杂，应尽量简化。
根据“十二五”规划的2.84亿千瓦水电装机目标，每年要核准1200万千瓦，5年6000万千瓦。“但由于水电建设有一定周期，起码是4、5年，今年批复的项目，到2016、2017年才能发电，到2020年要实现3.2亿装机目标，前期工作要超前进行。”
他认为，如今整个行业存在急功近利思想，还存在重工程轻生态的现象，这也在某种程度上导致前期工作深度不够。
因此，要加快水电建设，必须把前期工作做深，把设计做全做透，要在批复设计的时候，同步批复移民和生态规划。“把前期工作做深，批复可能就更容易；反之，前期工作做得不够，审查通不过，就会延长项目的批复。”他说。
张基尧认为，资金周转困难是水电面临的第二大难题。这一方面同国家宏观经济环境有关，例如国家提高银行存款准备金率，银行压缩了基本建设贷款额度，建设项目贷款困难。水电建设贷款不及时，影响了建设速度。另一方面，有些项目没有完全按程序进行核准就开工建设，没有核准违规建设，银行贷款就会非常谨慎甚至不予贷款。“经济结构调整，要有保有压。水电是优质资源，应该力保，就应该减少企业资本金，提高银行贷款。否则怎么实现‘十二五’目标，怎么解决节能减排中水电承担的任务？”
在张基尧看来，水电发展面临的第三个难题就是水电电价过低，迫切地需要价格体制的改革。“同网同价呼吁了多年，实际上是水电补了火电的缺，难以为继。水电的电价应该考虑到移民和生态成本因素。”
