碳税是以应对气候变化，减少CO2排放为目的，向化石燃料使用者征收的环境税。与碳排放权交易相比，碳税有三方面的优点。
第一，碳税的实施成本低于碳排放权交易。征收碳税可依托于已有的税制体系，无须设置新的机构，不存在行政制度上的障碍，并且碳税的管理成本较低。第二，碳税可以有效应对贸易摩擦。以美国为例，在其《清洁能源与安全法案》、《清洁能源工作与电力法案》、《美国电力法案》中提出要对进口产品征收碳关税，但是对碳税征收方的出口产品征收碳关税的双重征税违反WTO协议，因此我国若开征碳税，可以使美国等国家和地区的“碳关税”失去合法性。第三，碳税可以通过价格信号改变消费者的行为。碳税是一种财政手段，而碳交易是一种市场行为。政府开征碳税，在短期会释放强烈的价格信号，以引导和激励企业作出减排的决策。
不过，征收碳税也有一定的负面效应。一方面，碳税减排效果具有一定的不确定性。碳税的减排效果和税率有着紧密的联系。高税率的减排效果明显，但是随着税率的提高，减排效果的边际递减和减排成本的边际递增使得减排的不确定性增大。由于生产者会将收取的碳税转嫁给消费者，从而也降低了减排的不确定性。同时，可能采取的税收优惠和豁免也会使减排效果偏离应对气候变化的最初设计。
此外，开征碳税会对国民经济产生一定的冲击。征收碳税会增加企业的成本，对能源密集型产业影响更为明显，并且降低出口企业在国际市场的竞争力。而碳排放权交易的框架设计灵活，可以通过控制配额总量和免费发放配额的方式降低对企业及国民经济的影响。
反观碳排放权交易，同样具有一定优势。从温室气体排放总量控制角度来看，碳排放权交易会设置明确的总量控制目标。碳排放权交易的框架设计更加灵活，能够适应不同情况下的温室气体减排要求。在总量设置阶段，可以根据实际情况设定每个遵约期的配额总量，控制遵约期内的温室气体排放；在配额分配阶段，既可以通过免费发放的方式减轻企业负担、调动企业参与碳交易的积极性，又可以通过定价出售或者拍卖的方式增加政府收入，便于政府统一运用资金支持温室气体减排。此外，碳排放权交易可以吸引资本市场，利用多方力量开展应对气候变化事业。由碳交易衍生出的一级市场及二级市场将吸引大量资本进入应对气候变化行业。
我国能源消费结构以煤独大，能源利用效率低的现状决定了我国能源减排策略应该“两条腿走路”——短期内提高能源利用效率，中长期改变能源结构。因此，当前不适宜大规模、大范围地征收碳税。
笔者建议，应加快推进全国碳排放权交易试点工作，早日建立全国碳市场。加快推动全国碳市场MRV体系、国家登记簿等研究工作，总结分析排放权交易试点的经验，尽快建立全国碳市场。此外，明确开征碳税的目的，完善征收碳税的配套体系。我国征收碳税以应对气候变化为主，改善税收结构作用为辅，并在此目的下设计碳税的征收范围、征收方式、税收返还、税收使用等要素。开展碳税试点工作，争取早日建立碳税—碳交易联合体系。
