据负责电源系统研制生产的中国航天科技集团公司八院811所有关技术人员介绍，神舟九号电源系统共有3种电源，即太阳电池帆板、镉镍蓄电池、应急电池。
在火箭发射前几个小时，电源系统会被充满电，从火箭发射的那一刻起，就开始工作了。在火箭发射后，人们都会非常关注飞船太阳能帆板是否能够顺利展开，因为电源系统实际上就是一个光伏系统，像一个小“发电场”，能源的来源就是太阳能，只有太阳能电池帆板展开了，电源系统才能正常工作。而依靠太阳能发的电，一部分供给飞船使用，一部分则用蓄电池储存起来。
“神舟九号”绕地球飞行一圈需要约90分钟，这期间有50多分钟是在阳光照射下的光照期，太阳电池帆板可以正常工作并给储能电池充电。但有30多分钟却是在没有阳光照射的地影期，太阳电池帆板将停止工作，这时维持飞船正常运转的电能都来自镉镍蓄电池事先储藏好的电能。这就像我们平时使用的手机一样，只有给电池充好电才能正常工作，所以在光照期为蓄电池充好电，飞船才能维持正常运转。
而交会对接实施后，“天宫一号”与“神舟九号”将共同飞行，由于位置的原因，“天宫一号”会遮挡住飞船部分太阳电池帆板，被遮挡部分则不能正常充电。为了解决能量平衡问题，交会对接成功后的，“天宫一号”将为“神舟九号”提供一部分电能，而“神舟九号”只需要在每50多分钟内充十几分钟的电就可以了。
此外，电源系统还有重要的“救命”的作用。万一飞船发生不测，应急电池就会起用。应急电池使用的是高性能比新型银锌电池，其作用就像UPS。出现紧急情况时，飞船返回地面需要4个小时，而应急电池可以确保飞船供电，以及落地后为搜救系统提供24小时的用电。
航天员在天上飞行的十几天里，生活用电都要依靠电源系统。在载人航天工程一期时，由于供电能力有限，航天员怕“费电”，舍不得加热饭菜，吃的都是冷饭。
载人航天工程二期使用的电源系统中，太阳能帆板的材料采用了三结砷化钾，与一期使用的多晶硅相比，发电能力提高了一倍。这也使得电源系统的健壮性更强。同时，电源系统采用高压体制，减少了各种损耗。由于电能供应充足，“神舟九号”可以确保航天员顿顿吃上热饭。
