面对科研经费腐败问题频发，网民认为，要严防权力学术形成利益共同体，增强科研经费分配和使用透明度，高度重视科技人员生存状况，加大违法行为惩戒力度。
“吃经费”成潜规则
科研经费腐败已成普遍现象。媒体援引审计报告指出，2007年至2009年，陕西省6所省属高校项目负责人按5%至20%的比例提取开题费、特支费等上千万元。
网民“史小东”指出，科研项目“福利化”，科研经费作为“唐僧肉”，“吃经费”已成为一种内生的潜规则。科研经费“扩大用途”、“挤占挪用”屡见不鲜。21世纪教育研究院副院长熊丙奇说，某种程度上，一些课题经费已经异化为科研人员的“红包”。
制度漏洞是腐败温床
网民认为，高校教师积极申请科研项目的主要理由是职称晋升的需要。再者，高校教师待遇低，科研经费便成为他们的一条“谋财之道”。
此外，权力学术不分家也是导致科研经费腐败的重要原因。网民“单士兵”说，科研经费出现种种“跑冒滴漏”，就是因为行政之手过长地伸入科研领域，与一些学术霸权形成利益共同体。他们往往控制着科研经费，并盘剥掠夺。
科研经费缺乏监督机制也助长了腐败。网民“乔新生”指出，行政主导的科研经费管理体制致使科研经费在内部缺乏有效监督机制，在外部缺乏制度化审核，分配和使用透明度严重不足。
增强经费使用透明度
不少网民称，要铲除科研腐败，就要改革科研制度，增强科研经费分配和使用透明度，提高科技人员薪酬待遇，在科研领域建立严格的回避制度。
网民“吕艳滨”认为，遏制科研腐败，应彻底改革科研经费分配机制和评价机制，让科研经费“晒”在阳光下，并以现代财务制度加以管理。
还有网民认为，要在科研领域实行严格的回避制度。如果相关主管部门领导、高校校长和院长以个人或成立课题组名义申请经费，经费拨款单位应予以拒绝。另外，还要加大对不诚信科研人员的惩戒力度，起到震慑作用。
