一是环保公益诉讼原告主体缺位。对于大多数企业和公民来说，往往只看到环境污染对自己所造成的实际损害，但对生态的破坏，却很少有人愿意挑头站出来起诉。时下，环保公益诉讼缺位除了公民公益诉讼意识淡薄外，还与目前中国公益诉讼立法缺失有关。特别是在环境公益诉讼原告上，立法尚存空白，谁有起诉资格，法院对主体资格如何审查，法律并没有明确规定。
二是诉讼必须面临庞大的经费和技术瓶颈。鉴于环境污染和损害往往需要专业技术和装备才能进行检测、鉴定和举证，普通公民往往不具备这样的能力，一般也难以承受高额取证费用。此外，环保公益诉讼还存在原告败诉的可能，那么由谁负担公益诉讼的成本，也是一个现实问题。
三是环保公益诉讼范围窄、门槛高。我国在现有的法律体制下法律援助是绝对不收费的，但适用的案件类型是有严格要求的。一般来说像因水污染患癌这样的个人，能够获得法律援助的人相对是少数。环保公益诉讼很大一方面需要专业性法律人才的支持和援助。此外，国家也应进行必要的法律专业援助。
“只有这三个问题得到了解决，才能更好地进行环境公益诉讼。”王灿发表示。
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多名官员因环保被问责
2005年11月13日，中石油吉林石化公司双苯厂发生爆炸事故，造成大量苯类污染物进入松花江水体，引发重大水环境污染事件。时任环保总局局长解振华辞职。
2010年， 紫金矿业发生污水泄漏事件，福建省上杭县环保局局长辞职。
2006年起，山西省开始全面实行环境问责制。山西省环保厅统计，截至2012年，山西省100多名地方官员因环境污染被追究问责。
