然而另一方面，连续3年干旱的阴影都笼罩在西南各省及那里的人们头上。2010年的云南大旱灾中，国务院总理温家宝望着干裂的土地的照片似乎还历历在目，从2011年入秋以来，云南再次出现严重的干旱，老百姓的生活、工农业生产和生态环境再次面临巨大的挑战。据《广州日报》报道：连续3年干旱，已造成云南631.83万人受灾，已有242.76万人、155.45万头大牲畜出现不同程度饮水困难；全省直接经济损失23.42亿元，其中农业损失22.19亿元。年年岁岁，旱情难去。从春城昆明到山城贵阳，人们都焦心盼雨，许多人也不禁发问，到底是什么原因导致了如此长时间的干旱呢？
有气象专家分析认为，异常的季风是这3年雨季降水偏少的主因，由于影响云南的夏季风持续异常，输送到云南省的水汽减少；同时季风形成的低值辐合系统减少，致使云南上空对流偏弱；西太平洋副高位置对云南的降水也不利；再加上2009年、2010年副高位置偏西偏强，在其控制之下，不利于降水，而2011年副高位置偏东，其外围的水汽难以输送到云南。
也有许多人认为，云南旱灾是与大面积种植桉树和长期发射防雹弹有关。由于森林砍伐严重，云南大面积种植被称为“树木抽水机”的桉树。而近20年来每到雨季，各烟草种植县和乡镇大量发射防雹弹：由于雨季到来的时候，也正是烤烟生长的季节，为了保证烤烟的产量和质量，当地政府就大量地发射防雹弹。
讽刺的是，随着3月的过去，西南旱情得到缓解，水灾又随之而来。在这种情况下，西南地区的水利设施状况受到了严重的质疑。云南省水利厅一名相关负责人表示，过去的很长一段时间，云南的水利设施是在吃老本。
在基础性水利设施不足和老化的情况下，大型水电站的频繁上马也引起一些质疑。特别是近几年西南水旱灾不断的状况，很多人呼吁重新评估大型水电项目对环境的影响。
长江水利委员会水资源保护局前局长翁立达曾说：“水电站太密集了，几乎让河流喘不过气来。”西南诸河已经成为国内几大水电集团和地方争夺水电资源的战场，岷江、雅砻江、金沙江、嘉陵江、乌江、澜沧江、红水河、大渡河等壮丽河流，正在被一座座大坝拦腰截断。
此外世界闻名的自然遗产“三江并流”也可能因为水电项目遭到除名。2003年，三江并流在法国巴黎召开的联合国第27届世界遗产年会上被列入世界自然遗产。2004年便遭遇黄牌警告。
水电站的修建，是争议的原因。2002年“三江并流”申报世界遗产时，并未提及要在怒江上修建大型水坝，但是申报世界遗产成功后当地政府准备在怒江上建13座大型水电站的计划被披露，其中的丙中洛水坝位于保护区内，另外12座非常接近保护区，将直接对遗产区产生影响。怒江被誉为中国“最后一条自由流淌的伟大河流”。
在中国国务院领导亲自过问下，这一电力开发计划已经冻结。自2003年被列入《世界遗产名录》至2006年，三江并流连续在3届世界遗产委员会会议上被列为重点监测保护项目。
