恐怕肯尼亚发展核电面临的最大挑战就是融资难。阿联酋的经历或许会让肯尼亚明白核电多么费钱。凭借丰富的油气资源，阿联酋已经是世界上最富有的国家之一。目前，阿联酋正在建设4座核反应堆，预计耗资200亿美元。然而，为了筹措资金，几个月前，阿联酋政府同美国进出口银行签署了20亿美元的贷款合同。其余投资将由阿联酋政府和来自韩国的风险投资公司共同承担。
自从计划建设两座核反应堆以来，肯尼亚都在努力吸引投资或者争取银行贷款，以凑齐建设所需的80亿—100亿美元。但这些努力还未见成效。另一种方式就是采用“建设—运营—移交”的模式来让外国公司主导肯尼亚的核电站。这种方式不需要政府对项目借款、担保、保险等负连带责任，但这种模式下，政府对项目的影响力通常较弱。
第二个挑战是，肯尼亚缺乏专业的重型工程施工能力。要建设80亿美元的核电项目，肯尼亚需要一个强大的工程设计行业，而这正是肯尼亚所稀缺的。预计，肯尼亚需要从外国设备制造商那里进口大部分零部件。
更重要的是，核电站中的绝大多数系统都非常庞大，技术要求高，专业性强。任何系统出现问题，都可能带来严重的后果。这就对核电人才提出了很高要求。虽然有些肯尼亚人已经在其他国家接受核电相关知识的培训，但人才匮乏仍是肯尼亚发展核电的一大挑战。
